Il Museo si colloca tra le più importanti raccolte archeologiche italiane ed è soprattutto rappresentativo della storia locale, dalla preistoria all'età romana.
La sua sezione etrusca è il punto di partenza per conoscere la civiltà dell'Etruria padana, che ebbe come capitale Bologna, l'etrusca Felsina.
Le antiche collezioni conservano capolavori dell'arte greca e romana; di particolare rilievo è la raccolta di antichità egiziane, una delle più importanti d'Europa.