Il primo nucleo risale al 1908, anno in cui fu istituita a Bologna la cattedra omonima. Vi sono esposti crani e scheletri di antiche popolazioni italiane dal Neolitico al sec. XVIII, calchi di reperti scheletrici attraverso i quali sono documentate le tappe fondamentali del processo evolutivo dell'Uomo e manufatti che illustrano lo sviluppo delle culture preistoriche. Completa l'esposizione una "yurta", tipica abitazione mobile delle popolazioni nomadi del Kazakistan.

